达延汗死后（约1517年），左翼三万户首先陷入分裂。
长子图鲁博罗特早逝，其长子博迪阿拉克继承可汗之位，统领察哈尔部，驻地逐渐向东南迁移至今内蒙古赤峰、通辽一带，直接与明朝辽东镇接壤。
察哈尔部作为黄金家族嫡系，始终以“蒙古共主”自居，对明朝采取强硬态度，频繁袭扰辽东、宣府等地。
明世宗嘉靖年间，察哈尔部首领打来孙汗为躲避右翼土默特部的扩张，率部大规模南迁，占据了原兀良哈部的牧场，与明朝的冲突更为激烈。
内喀尔喀五部是左翼喀尔喀万户分裂后的产物，包括巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特五部，驻地在今内蒙古通辽与辽宁阜新之间。
内喀尔喀五部
该部实力较弱，在察哈尔部与明朝之间摇摆不定：一方面需向察哈尔部缴纳贡赋，另一方面又通过明朝开设的“广宁马市”获取物资。万历年间，内喀尔喀五部与明朝建立了相对稳定的“贡市”关系，但在1619年萨尔浒之战中，其首领宰赛因援助明朝被后金俘虏，此后逐渐沦为后金的附庸。
科尔沁部则是左翼的“特殊存在”，其先祖是成吉思汗之弟哈撒儿，虽属黄金家族旁支，但与察哈尔部关系疏远。
16世纪后期，科尔沁部为躲避察哈尔部的压迫，向东北迁移至嫩江流域，与女真部落产生频繁接触。
万历二十一年（1593年），科尔沁部参与“九部联军”攻打努尔哈赤，战败后转而与后金联姻结盟，成为后金征服蒙古的重要助力，这也使得科尔沁部在后来的清朝获得了极高的政治地位。
2.右翼部落的崛起与明蒙关系转型：
右翼三万户中，土默特部在达延汗之孙俺答汗的带领下达到鼎盛。
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