在tv版本里三号机的驾驶员是碇真嗣的好基友铃原东治，剧场版里换成了明日香。不过结果都差不多，都是三号机被使徒侵蚀暴走。初号机迎击，但碇真嗣却不想伤害朋友，最后碇源堂启动傀儡系统打碎了三号机，最后甚至咬碎了插入栓。
杜兰认为碇真嗣根本没有必要拒绝，因为他一拒绝，事情就会变得更糟糕。本来他要是控制一点，插入栓至少不会被咬碎。
当然也可能是少年根本没有控制战斗损失的能力，没学过，或许少年出手造成的破坏比傀儡系统还大。
总之现在二号机被封存了起来，明日香要去驾驶三号机了。
插入栓里的明日香只感觉一阵强有力的推背感，就被使徒推着进入了意识的深处。光谱分析变为了蓝色，三号机被定义为了使徒。
“是侵入型的使徒？”赤木律子立刻怀疑三号机已经被入侵了，使徒就在三号机体内。
葛城美里紧张地说道：“弹出插入栓。”
程序启动，但插入式卡在半路，因为三号机的盔甲之间长出了皮肤一样的胶质物，拉住了弹射仓，插入栓就卡在脖子后面，弹射不出来。
“明日香？”葛城美里立刻知道少女要危险了，因为现在少女的各种数据都中断了，根本不知道她是不是还活着。
咻，三号机脑袋顶上出现了光环，并且挣脱束缚朝第三新东京市逼近。
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